在主席台上就座的大会执行主席有许武、王东进、窦贤康、汪克强、俞寿明、程抗仇。大会常务副主席、执行主席、校党委常务副书记、副校长许武主持大会。校领导郭传杰、朱清时、侯建国、李国栋、鹿明，校长助理尹登泽出席了会议。
大会首先听取了各代表团代表关于分组讨论情况的汇报。随后，代表们就教职工关心和关注的一些热点问题向有关校领导和部门负责人进行大会质询，有关校领导和部门负责人分别作出解答。
代表质询
校领导解答
大会还对六届二次教代会的3项优秀提案进行了表彰，六届教代会提案工作委员会主任委员程抗仇宣读了表彰决定，校党委常务副书记、副校长许武为获奖者颁奖。另外，本次大会期间共收到各类提案28件。
副校长窦贤康宣读了《中国科学技术大学第六届教代会第三次会议会议纪要》，大会通过了这个纪要。
纪要指出：会议期间，代表们以高度负责的主人翁精神，听取并审议了朱清时校长的工作报告，认真听取了郭传杰书记的重要讲话，听取了会议安排的各项重点发言，审议了六届三次教代会各工作委员会提交的书面工作报告，讨论了各单位的工作报告。代表们普遍认为，朱清时校长的工作报告和郭传杰书记的重要讲话全面、客观地总结了过去一年学校各方面工作的进展和取得的成绩，认真分析了学校建设与发展事业面临的形势与挑战，以及当前工作中存在的困难和问题，对今后工作的思考和部署也体现出实事求是和开拓进取的精神。对会议安排的重点发言及六届三次教代会各工作委员会和各单位的工作报告，代表们也表示满意。在全体代表的共同努力下，会议在圆满完成各项议程和工作任务的同时，达到了统一思想、振奋精神、集思广益、凝心聚智、明确责任、增强信心的目的。会议号召，全校师生员工要继续高举邓小平理论伟大旗帜，以“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，全面贯彻党的十六届五中全会、《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》的主要精神和中科院2005年冬季党组扩大会议精神，巩固和发展保持共产党员先进性教育活动所取得的成果，进一步解放思想，开拓创新，积极投身于学校各项事业的改革、建设与发展之中，为早日实现一流研究型大学的宏伟目标而努力奋斗！
常务副校长侯建国致闭幕词。他说，全体代表在大会主席团的领导下，坚持民主集中制，认真履行各自的权利和义务，本着主人翁的态度，认真听取并审议了校长工作报告，听取、讨论了党委书记的讲话，听取、审议了3位校领导和部门负责人的重点发言，并就有关校务工作进行了大会质询和热烈的讨论。大会在总结学校一年来各方面工作成绩的基础上，认真分析了学校改革与发展中面临的新形势，在把握大局、明确目标、深化改革、开拓进取等方面达成了共识，明确了2006年一流研究型大学建设的主要任务和工作安排。同时，代表们还就学校改革和发展中存在的问题和不足，提出了许多宝贵的意见和建议。
侯建国指出，当前我们面临的重要任务是，以“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，充分发挥“全院办校、所系结合”的独特优势，进一步完善学校发展战略规划，持续实施人才强校战略，深化教育教学改革，加速推动一流研究型大学建设。这次会议上，各位代表本着对学校负责的主人翁精神，畅所欲言，提出了许多弥足珍贵的意见和建议，贴切而中肯。我们将根据会议精神，针对代表们提出的意见和建议，采取有效措施，切实加强和改进学校的各项工作，加快改革和发展步伐。
侯建国希望，各位代表要协助学校做好会议精神的传达，在广大师生中广泛宣传会议精神和学校改革与发展的思路与设想，为学校的一流研究型大学建设营造创新进取、求真务实、团结拼搏的良好氛围。
六届三次教代会在雄壮的校歌乐曲声中结束。