| 院级工会名称 | 主席 | 副主席 |
| 少年班学院工会 | 徐晶芝 | 张若琳 |
| 数学科学学院工会 | 左达峰 | 许小卫 |
| 物理学院工会 | 凌 锋 | 李业龙 |
| 化学与材料科学学院工会 | 刘华蓉 | 朱 芸 |
| 工程科学学院工会 | 牟 玲 | 高 进 |
| 信息科学技术学院工会 | 李 斌 | 张 璠 |
| 网络空间安全学院工会 | 王晨曦 | |
| 集成电路学院（国家示范性微电子学院）工会 | 蔡 伟 | |
| 计算机科学与技术学院 人工智能与数据科学学院工会 | 裴世保 | 方 瑾 |
| 软件学院工会 | 魏 英 | 张新华 |
| 地球和空间科学学院工会 | 刘晓东 | 徐 燕 |
| 生命科学与医学部工会 | 臧建业 | 朱 峰 张隆华 陈聚涛 |
| 科技商学院、管理学院工会 | 宋 捷 | 刘红梅 刘青芳 |
| 公共管理学院工会 | 杜少甫 | 黄 胜 |
| 人文与社会科学学院工会 | 李雅清 | 王晓燕 |
| 马克思主义学院工会 | 许 阳 | |
| 环境学院工会 | 潘 元 | 李静怡 黄大弘 |
| 国家同步辐射实验室、核科学技术学院工会 | 余 芹 | 谢 治 |
| 合肥微尺度物质科学国家研究中心工会 | 孙 梅 | 李 伟 |
| 火灾安全全国重点实验室工会 | 朱霁平 | 肖 琳 |
| 本科生院工会 | 斯 骏 | 孙劲松 |
| 机关工会 | 周 宇 | 万利平 |
| 科技党委工会 | 江慧军 | 胡 伟 |
| 图书网络档案联合工会 | 尹 红 | 兰 荣 |
| 出版社工会 | 裴 旭 | |
| 校医院工会 | 金长江 | 沈龙春 |
| 中科大资产经营有限责任公司工会 | 刘辉灿 | |
| 基础教育集团工会 | 马运生 | 李永胜 |
| 饮食服务集团工会 | 彭 政 | 宣礼云 |