| 院级工会名称 | 主席 | 副主席 |
| 少年班学院 | 徐晶芝 | 张若琳 |
| 数学科学学院 | 左达峰 | 许小卫 |
| 物理学院 | 张永生 | 李业龙 |
| 化学与材料科学学院 | 刘华蓉 | 朱 芸 |
| 工程科学学院 | 牟 玲 | 高 进 |
| 信息科学技术学院 | 李 斌 | 袁国富 |
| 网络空间安全学院 | 王晨曦 | |
| 微电子学院 | 蔡 伟 | |
| 计算机科学与技术学院 人工智能与数据科学学院 | 裴世保 | 方 瑾 |
| 软件学院 | 魏 英 | 张新华 |
| 地球和空间科学学院 | 黄金水 | 唐 俊 |
| 生命科学与医学部 | 臧建业 | 朱 峰 张隆华 陈聚涛 |
| 管理学院 | 刘青芳 | 刘红梅 宋 捷 |
| 公共事务学院 | 丁望斌 | 黄 胜 |
| 人文与社会科学学院 | 褚建勋 | 王晓燕 |
| 马克思主义学院 | 许 阳 | |
| 环境科学与工程系 | 康 辉 | 李静怡 黄大弘 |
| 国家同步辐射实验室、核科学技术学院 | 余 芹 | 谢 治 |
| 合肥微尺度物质科学国家研究中心 | 孙 梅 | 李 伟 |
| 火灾科学国家重点实验室 | 朱霁平 | 肖 琳 |
| 机关 | 周 宇 | 万利平 |
| 本科生院 | 斯 骏 | 孙劲松 |
| 图书馆、网络信息中心、档案文博院 | 尹 红 | 兰 荣 |
| 出版社 | 裴 旭 | |
| 校医院 | 金长江 | 沈龙春 |
| 中科大资产经营有限责任公司 | 张 岚 | |
| 基础教育集团 | 马运生 | 李永胜 |
| 饮食服务集团 | 彭 政 | 宣礼云 |